Schweizer Alpkäse ist ein gemeinsames Projekt der beiden Organisationen Schweizerischer Alpwirtschaftlicher Verband SAV und Schweizer Milchproduzenten SMP. Das Projekt wird von beiden Organisationen gemeinsam getragen. Die Geschäftsstelle wird durch die SMP geführt. Die Kompentenzen zur Planung und Umsetzung von Massnahmen liegen bei der Alpkäsekommission. In dieser Kommission sind die beiden Organisationen gleichwertig vertreten.